厦门市中医院创办于1956年，2008年通过三级中医医院评审，2018年通过复评，编制床位1200张、开放床位1250张，现有建筑面积9.6万平方米、二期规划建筑面积7.4万平方米，由总院、南区、禾祥东门诊部组成。同时下辖江头、金山、禾山、殿前4个社区卫生服务中心。近年年均门急诊量（不含社区）200万人次，出院4.5万人次。
  2017年由厦门市政府与北京中医药大学合作共建，成为北京中医药大学厦门医院（第八临床医学院），纳入北京中医药大学直属序列管理。2019年国家公立三级中医医院绩效考核等级A级，全国排名66位，福建省排名首位。2020年艾力彼中国中医医院百强排名41位。是国家卫生健康委建立健全现代医院管理制度全国试点、福建省3家名优中医院建设单位之一。2020年成为福建省省级文明单位。
  现有肝病科、儿科2个国家临床重点专科，中医肝胆病学1个国家中医药管理局重点学科，肝病科、肛肠科、儿科、脾胃病科4个国家中医药管理局重点专科，骨伤科、风湿病科2个国家中医药管理局重点专科建设单位。脾胃病科、风湿病科、骨伤科、糖尿病科、针灸康复科5个省级医疗“创双高”临床重点专科（中医类）建设项目。中西医结合胆胰专科、中西医结合骨关节病、中医痔疮专科、中西医结合儿科、中药临床药学、中医护理、中医眼科等10个省级重点专科。肛肠科、中西医结合儿科、肝病科3个厦门市医学领先学科。肝病科、儿科获评艾力彼“中国中医医院最佳研究型专科”，肝病科、儿科、肛肠科、骨伤科、内分泌科、脾胃病科、心血管科、针灸康复科获评艾力彼“中国中医医院最佳临床型专科”。